O Vila Maria Esporte Clube foi fundado no dia 17 de Abril de 2014 por um grupo de moradores do bairro Vila Maria no centro da cidade de São José dos Campos/SP, sua cidade de origem. O clube tem como cores principais o azul marinho e branco, além de detalhes em dourado e foi criado inicialmente como equipe de futebol de salão, mas em janeiro de 2015 alterou a sua modalidade iniciando no futebol de campo em campeonatos de sábado da cidade. Com um bom desempenho, a diretoria levou o clube a disputar o seu primeiro campeonato amador, a Copa Popular 2015, campeonato onde a equipe se sagrou campeã.

    No ano de 2016 o clube manteve sua base campeã de 2015 e se reforçou para dar um passo grande em sua história se afiliando a LMSJC - Liga Municipal de São José dos Campos na divisão "B". Com uma ótima campanha em 2016, conquistou o acesso a principal divisão do futebol amador da cidade, a serie "A", primeira divisão da LMSJC.

    Em 2017, um ano de afirmação na serie "A", o Vila Maria E.C. com um bom elenco mas pouca experiência, não passou da fase de grupos.

    No ano de 2018, com um elenco, comissão e diretoria reforçados, a equipe progrediu e passou pela difícil fase de grupo, mas foi eliminada nas oitavas de finais.

    Em 2019 com um time mais experiente e com mais tempo na LMSJC o clube fez uma excelente campanha na fase de grupo, se classificando bem para o mata mata, porém foi eliminado em um jogo difícil, disputado nos pênaltis.

    Para 2020 o Vila Maria E.C. conta com 3 novos diretores que se juntaram ao demais para realizar um planejamento, buscar reforços para a equipe, aumentar a captação de recursos, patrocínios, apoiadores e parceiros para a disputa inicialmente de três campeonatos, a Copa Norte, 46ª Taça da Cidade e a LMSJC série "A".